Podpisem smlouvy o přidělení dotace se ze žadatele stáváte příjemce podpory. Jak bylo uvedeno, od této chvíle na sebe berete řadu povinností a v případě jejich nesplnění můžete o přislíbené či přidělené finance velice jednoduše zase přijít. Vaším hlavním úkolem je realizace projektu tak, jak byl popsán v žádosti a při dodržování pravidel stanovených pro projekty financované ze strukturálních fondů EU. Jedná se nejen o již zmíněné předpisy pro výběr dodavatelů či zásad pro vedení a uchovávání dokladů vztahujících se k projektu, ale například i pravidel pro povinnou publicitu. Nesmíte také zapomínat na to, že realizace vašeho záměru musí vést ke splnění předem vytčených cílů projektu. Žadatel si již při vyplňování žádosti volí sám cílové hodnoty tzv. monitorovacích indikátorů projektu, a ty nyní musí při realizaci naplňovat. Jedná například o počty pořízených technologií, nově vytvořených pracovních míst či proškolených zaměstnanců. Proto tyto hodnoty už jako žadatel musíte důkladně zvážit a uvědomit si, zda je opravdu reálné jich dosáhnout a následně i udržet po dobu, která je daným programem vyžadována. V realizační fázi projektu musíte pravidelně předkládat průběžné monitorovací zprávy o realizaci projektu. Po jeho ukončení (nebo po ukončení jeho dílčí etapy) pak zpracujete závěrečnou zprávu a žádost o platbu, ve které zhodnotíte dosažené výsledky projektu. I po následném proplacení však povinnosti administrace projektu pokračují, a to v závislosti na konkrétním programu po dobu tří nebo pěti let. Monitorovací zprávy pak zpravidla předkládáte jednou ročně. Splnění a udržení hodnot výstupů projektu může být následně i předmětem kontroly ze strany příslušných institucí. V případě nesplnění některého z ukazatelů pak můžete být v krajním případě požádáni o vrácení dotace nebo její části.

Máme-li tedy shrnout celý proces získání prostředků z fondů EU, jde nepochybně o velice náročnou agendu, přípravou počínaje, přes podání žádosti a podpis grantové smlouvy, vlastní realizaci i následné povinnosti vyplývající z udělení dotace. Na druhou stranu, projekt může dobře a kvalitně zpracovat kdokoliv, kdo tomu věnuje příslušný čas a úsilí. Nechcete-li se do žádání o dotaci pustit sami, můžete si vyžádat pomoc externího konzultanta.  Při využití komerčních zpracovatelů se ujistěte, zda vámi vybraný subjekt má dostatečné zkušenosti v dotační problematice, snažte se získat reference a buďte obezřetní při stanovení ceny za nabízené služby. Mějte ale vždy na paměti, že za zpracování žádosti i povinnosti související s realizací projektu nakonec odpovídá ve všech fázích sám příjemce dotace.