Jestliže již víte, kdy a kde máte žádost o dotaci podat, následuje krok vlastního zpracování žádosti. Veškeré podstatné informace a pokyny ke zpracování žádosti by měly být obsaženy v instrukcích, jež vydávají instituce, které příslušný program řídí či implementují. Tyto instrukce jsou většinou součástí „Příručky pro žadatele" (nebo podobného dokumentu), která je vždy součástí podkladů v rámci výzvy pro předkládání žádostí u daného dotačního titulu. Je třeba si ohlídat formální správnost všech předkládaných dokumentů, nejen samotné projektové žádosti, ale i veškerých požadovaných příloh. Podklady by měly být vždy zpracovány v souladu s doporučenou metodikou. Například u studie proveditelnosti nebo u analýzy nákladů a přínosů je důležité dodržet stanovenou strukturu a obsah jednotlivých kapitol, v případě povinných příloh je pak nutné dodržet jejich aktuálnost a požadovanou formu. Nevyplatí se rovněž podceňovat význam nepovinných příloh - někdy mohou výrazně ovlivnit výsledné bodové ohodnocení projektu, které rozhoduje o udělení či neudělenídotace. Užitečným vodítkem při zpracování žádosti proto bývají i hodnotící a bodovací kritéria, podle nichž bude žádost posuzována. Pokud nejsou přímo součástí dané výzvy, měla by být uvedena v programovém dokumentu pro příslušný dotační program.

Ve stávajícím programovém období 2014 - 2020 jsou základní žádosti o dotaci u většiny Operačních programů vyplňovány a předkládány v elektronické formě prostřednictvím webové aplikace MS2014+. V případě schválení projektu slouží tato aplikace i nadále jako rozhraní mezi realizátorem projektu a jeho administrátorem, např. k předávání monitorovacích zpráv nebo podávání žádostí o platbu. Přístupná je na adrese mseu.mssf.cz. Nejdříve se provede prvotní registrace a teprve poté následují další fáze s odevzdáváním projektové žádosti včetně potřebných příloh. Aplikace naštěstí žadatele sama upozorňuje na případné chyby a nedostatky ve vyplňování žádosti a tak se zde minimalizuje riziko podání neúplně vyplněné žádosti, apod.

Co platí pro většinu programů je, že ne všechny nezbytné podklady je třeba odevzdat rovnou s žádostí, mnohdy je možné některé přílohy podávat až později. Je však třeba si předem dobře rozmyslet, jaká je náročnost získání jednotlivých příloh. Získání některých dokumentů si vyžádá delší čas a mnohé z nich i zapojení dalších, třeba certifikovaných odborníků. Týká se to například stavebních povolení, vyjádření různých úřadů pro realizaci projektu či vyhodnocení dopadů projektu na životní prostředí. Kupříkladu územní rozhodnutí musí většinou nabýt právní moci nejpozději v den podání žádosti, eventuální sloučení územního a stavebního řízení se musí doložit při podání žádosti, apod. Ověřte si rovněž, že případné nájemní smlouvy nemáte uzavřené na dobu kratší, než je doba udržitelnosti projektu. Specifika týkající se vašeho konkrétního projektu je obvykle možné dále konzultovat s pracovníky správce programu.

Pokud odevzdáte kompletní žádost včas ve stanoveném termínu, nastává fáze jejího hodnocení. Nejprve jsou administrátorem programu zkontrolovány veškeré formální náležitosti žádosti a je vyhodnoceno, zda je projekt pro daný program přijatelný. V této etapě můžete být vyzváni k případnému doplnění chybějících příloh, případně k opravě chybných údajů. Poté jsou všechny po formální stránce odsouhlasené projekty hodnoceny na základě stanovených hodnotících a bodovacích kritérií. Základním předpokladem pro získání v podstatě jakékoliv dotace je dobré finanční zdraví žádajícího subjektu. Při hodnocení projektu rozhoduje mnohdy například i délka působení žadatele v oboru nebo získané certifikáty kvality či jakosti. Projekty podané v rámci dané výzvy mezi sebou soutěží o finanční prostředky, které se v této výzvě rozdělují. Ty nejlépe obodované projekty jsou doporučeny k finálnímu schválení. Může se přitom stát, že ač byl váš projekt zpracován dobře, v celkovém bodovém součtu se umístí až na místě, pro které se již v aktuální výzvě nedostává financí. V případě kdy váš projekt uspěl, jste vyzváni k podpisu smlouvy o financování. Ta stanovuje nejen výši dotace, ale i povinnosti, které pro vás z jejího přidělení vyplývají.